El origen del castillo de esta población radica en una torre que, posiblemente construida por los musulmanes en el siglo XI, tenía como misión controlar el paso del Guadalquivir y el camino que unía Córdoba con Jaén. Los musulmanes la nominaron como “Karid-Wad”, es decir, “Aldea del Río”. Más tarde, a esta primera torre se le agregó, sin que pueda determinarse quién acometió tal ampliación, un patio de armas y una nueva torre. El castillo quedó así dotado de una sencilla planta rectangular que cierra por el Oeste la torre más antigua, la más nueva por el Este y ambas unidas por el patio de armas.
El castillo fue conquistado por Fernando III posiblemente en al año 1235 y, según Ramírez y las Casas-Deza, donado por el rey a Diego Fernán de Aguayo, perteneciendo así a la casa de los Aguayos desde la conquista cristiana. Afirmación que presenta contradicciones al consultar otras fuentes o documentos como recogen los cronistas de Villa del Río, Francisco Pinilla y Catalina Sánchez, en su estudio del castillo: “… porque en la Descripción Genealógica de la Casa de Aguayo…nada se dice de que sen poseedores del Castillo ni el I, Don Diego Fernán de Aguayo, ni el II, Ruy Gutiérrez de Aguayo…ni el III, también llamado Ruy Gutiérrez de Aguayo, y, únicamente, en el IV, Fernán Ruy de Aguayo aparece… también fue poseedor del Castillo que estaba nueve leguas de Córdoba, en que se pobló después la Aldea del Río.
Como la donación de la torre de poniente en 1424 para construir la iglesia se atribuye a Fernán Ruiz de Aguayo, los cronistas encontraron un documento en el Archivo de Protocolos en el que figura la donación que en 1530 hace su bisnieto Francisco de Aguayo, VII de la genealogía, de la otra torre y del patio de armas para la construcción de la iglesia parroquial y en el que se dice que el Castillo, muy deteriorado, lo tiene a título de enfiteusis, concedido por el Concejo de Córdoba a su padre. Hecho que denota una discordancia, pues si Fernando III se lo había dado al I de los Aguayo, ¿cómo se explica que al VI se lo entregara el Concejo de córdoba a título de enfiteusis? Además, Francisco de Aguayo, Veinticuatro de la ciudad de Córdoba, un día después de hacer testamento en 1530, hace la donación diciendo que tiene por suyas “a título de enfiteusis unas casas y torre en sitio que está caído y maltratado en la Aldea del Río…las cuales tomó a censo Diego de Aguayo, mi señor Padre que haya Gloria, del Concejo de esta Ciudad con cargo de pagar en cada año cien maravedís con ciertas condiciones contenidas en la carta de censo que sobre ello pasó con facultad de poder labrar y edificar en ellas lo que quisiese y de poder vender, trocar y cambiar con dicho cargo”.
Parece, pues, que el castillo y la Aldea del Río siempre pertenecieron a la ciudad de Córdoba. Sin embargo, Córdoba perdió la posesión de Aldea del Río y el castillo en el período de 1465-1469. La inestabilidad provocada por el enfrentamiento entre Enrique IV y el infante don Alonso se refleja también en Córdoba con el enfrentamiento nobiliario entre el Conde de Cabra, Diego Fernández de Córdoba, partidario de Enrique IV y don Alonso de Aguilar, partidario de don Alfonso. Como consecuencia, Córdoba perdió la posesión de Aldea del Río y su castillo que pasa a ser señorío de Fernán Pérez de Montemayor. La llegada de Enrique IV a Córdoba genera un acuerdo con la nobleza en el que, entre otras cuestiones, se recogía la devolución de Aldea del Río al Concejo de Córdoba y el derribo, que no llegó a producirse, de su castillo.
Puede considerarse que el castillo estuvo siempre bajo la jurisdicción de la ciudad de Córdoba hasta que su propiedad pasa a la Diócesis de Córdoba en 1530. Un año más tarde el emperador Carlos I autoriza su enajenación para levantar una iglesia en el mismo lugar.
La conversión del castillo en iglesia (parroquia de San Pedro) culminó en 1537: la torre Oeste o de Poniente se destinó a Baptisterio, la torre Este a Presbiterio y el patio de armas se cubrió para albergar la única nave de la iglesia. Hernán Ruiz I dirigió la obra, quedando como testimonio la portada que se percibe, prácticamente en el centro del edificio, desde la Plaza de la Constitución.
La iglesia se utilizó hasta 1907 en que, al quedar pequeña por el crecimiento de la población, se construyó otra mayor: la parroquia de la Inmaculada que fue inaugurada en 1908.
El antiguo edificio de la iglesia, abandonado y deteriorado, lo compra el Ayuntamiento por 6.000 pesetas en 1914 y lo destina, después de restaurarlo, a mercado de abastos, función que cumplió hasta 1966 en que vuelve a quedar abandonado y sometido al deterioro. Restaurado nuevamente se convertirá en la sede del Ayuntamiento en 1986.
Actualmente lo más destacado del antiguo castillo es la torre del oeste o de Poniente que, restaurada en 1988, está construida con argamasa de cal y canto y recubierta con piedra molinaza. Presenta en su lado Oeste la entrada con arco apuntado que da acceso a la planta baja. Desde esta sale una estrecha escalera de piedra que conduce a la planta primera, rectangular de 4,50 por 9,10 metros, que está cubierta por dos bóvedas vaídas de rosca separadas por un arco central. Desde esta sala un arco ajimezado da paso una escalera de piedra que, por la parte izquierda, conduce a la terraza (antiguo patio de armas cubierto al transformarse en la nave de la iglesia) de unos 8,70 por 22,80 metros y con unos muros de 1,20 metros grosor. Por la derecha de la referida escalera se accede a la terraza de la torre de Poniente que, con unos muros de 0,45 metros de grosor y con almenas de ladrillo, presenta una longitud de 12,50 metros y una anchura de 7,80. Esta torre fue restaurada en 1988.