Aunque la presencia humana en la zona de Lucena se certifica en el Paleolítico Inferior y los asentamientos fortificados en el período ibérico y romano, es en la Edad Medias cuando, ya bajo la dominación musulmana, destaca Lucena, designada por los judíos como Eli-Ossana (Dios nos salve) y al-Yussana por los árabes, por tener la población judía más importante de Al-Andalus. Comunidad judía que se mantuvo próspera hasta que, tomada Lucena por los intransigentes almohades en el 1148, los judíos prefirieron abandonar la población antes que renegar de su religión.
Aunque los musulmanes levantaron el castillo en el siglo XI-XII, tal vez sobre la base de una fortificación romana que controlaba la vía Córdoba- Antequera-Málaga, las transformaciones tras la reconquista permiten catalogarlo como cristiano del siglo XV. El castillo era lugar de residencia de Diego Fernández de Córdoba III que en 1512 fue premiado por sus servicios a la corona con el Marquesado de Comares creado expresamente para tal finalidad. Desde entonces el castillo sufrió diversas reformas para adaptarlo como palacio-residencia de los marqueses de Comares y desde 1680, como consecuencia de la unión celebrada en Lucena (1653) de Catalina Antonia de Aragón con Juan Francisco Tomás de la Cerda (VIII duque de Medinaceli desde 1671), como palacio ducal de los Medinaceli.
En el 1240 Lucena capituló ante Fernando III quien, al año siguiente, la entrega a la Iglesia de Córdoba con la obligación de defenderla. En 1333 Lucena queda nuevamente bajo el dominio musulmán hasta que, reconquistada por Alfonso XI, este la vuelve a poner bajo la autoridad de la Iglesia de Córdoba, pero encomendando su defensa a la Orden de Santiago.
La defensa de la villa era tan onerosa para el obispado y el Cabildo (en 1332 el obispado se había gastado 80.000 maravedíes en su reconstrucción) que en 1342 se la entregan, mediante permuta, a Leonor de Guzmán, madre de Enrique II, quien la mantuvo en su poder hasta su muerte en1351, momento en que Lucena vuelve a la corona. En 1371 Enrique II la dona a Juan Martínez de Argote de quien en 1375 la hereda su hija, María Alfonso de Argote, casada con Martín Fernández de Córdoba que va a ostentar la titularidad del señorío de Lucena, quedando ya vinculado a los Fernández de Córdoba, en su rama de los alcaides de los Donceles.
El castillo está emplazado en el centro urbano de Lucena, a una altitud de 490 metros sobre el nivel del mar y acotado por la Plaza de España o del Coso por el lado sur, la Plaza de Archidona por norte, la calle Alta y Baja por el por el este y el pasaje Cristo del Amor por el oeste donde hoy se localiza la entrada actual al castillo que en la actualidad también acoge la Oficina Municipal de Información Turística y el Museo Arqueológico y Etnológico.
El castillo está constituido por un primer recinto defensivo de planta cuadrangular, con el patio de armas en el centro y una torre en cada uno de sus ángulos: la del Moral en la esquina sureste, la del Homenaje en el noroeste, la maciza de las Damas en el noreste y la del Coso en el suroeste. De estas torres de planta cuadrada, a excepción de la del Moral, las más antiguas son la de las Damas y la del Coso (s. XI) pero, aunque más tardías, hoy destacan más la del Moral y la del Homenaje que surgen en el siglo XVI como consecuencia de la reforma de las torres primitivas de las esquinas sureste y noroeste. Las torres están comunicadas por un paso de ronda o adarve de diferente anchura que se eleva unos 9-10 metros sobre el nivel del patio de armas.
La torre del Moral es de planta octogonal, con aspilleras y con vanos de iluminación abiertos en sus muros en el siglo XVIII. Tiene tres cámaras.
A la cámara baja, conocida como de los Metales, se accede por una escalera que parte del patio de armas. Esta cámara permanece cerrada y no puede visitarse por insalubre.
A la segunda cámara, conocida como “Perla de Sefarad”, se accede desde el adarve. Esta cámara es de planta octogonal, está cubierta por una bóveda ochavada de ladrillo y desde ella sale una empinada escalera de piedra que conduce al desván o planta superior. Esta tercera planta es cuadrada y estaba rematada por una terraza almenada que fue sustituida en el siglo XVIII por una vistosa cubierta de forma piramidal de vigas de madera revestida por teja de tipo árabe. En el exterior de esta torre, perfectamente visible desde la Plaza Bécquer, se encuentra un escudo con la menorá (candelabro de 7 brazos judío) representada por una antinaturalista y anticlásica zarzamora en recuerdo de la que vio ardiendo Moisés en el Sinaí. De aquí que la torre reciba el nombre de “del Moral” que por extensión se aplica a todo el castillo.
La Torre del Homenaje es de planta cuadrada y con acceso desde el adarve a una cámara abovedada. Desde esta cámara sale una escalera que, por una parte conduce, a la terraza de la torre desde donde se aprecia una buena panorámica de la ciudad y, por la otra, a la parte inferior de la torre. En esta torre, estuvo preso el rey Boabdil tras su derrota y captura en la batalla de Lucena o del arroyo de Martín González en 1483. Este hecho da origen a la leyenda de que Boabdil, contemplando desde la terraza de la torre parte de los territorios perdidos, dio tal gemido que la torre pasó a conocerse como “torre de los lamentos del moro”.
El patio de armas, fue convertido en jardín en el s. XVII y usado como tal hasta que en torno a 1960 fue habilitado como cine y como mercado. En 1970 una parte del jardín y de las caballerizas fueron derruidos para construir el edificio de Teléfonos, Correos y Telégrafos.
Este primer cuerpo del castillo se encuentra protegido por un segundo recinto defensivo constituido por un foso (al que se puede acceder desde el patio de armas) que lo rodea totalmente (hoy parte de la zona oeste del foso está cubierto y ocupado por el edificio que contiene dependencias y salas del museo) y que, a su vez, está defendido por una muralla de mampostería, de 2 metros de grosor, unos seis de altura y con paso de ronda superior dotado de troneras apreciables en parte del lienzo sur. Esta muralla exterior del castillo esta dotada en el lienzo norte y oeste de toda una serie de saeteras. Hay que destacar también la existencia en el lienzo norte de la única puerta exterior de la fortaleza que, formada por un arco apuntado con alfiz, probablemente sea de época almohade.
El Ayuntamiento compra el castillo en 1926 a los duques de Híjar por 38.985 pesetas, lo termina de restaurar en 1997 y desde 2001 a 2003 se van habilitando las 10 salas que conforman el Museo Arqueológico y Etnológico.